技术专业大学本科，1989年7月毕业并获得学士学位。
1989年9月，孙凝晖就读于中国科学院计算技术研究所计算机科学与技术专业硕士研究生，1992年7月毕业并获得硕士学位。
1995年9月，孙凝晖就读于中国科学院计算技术研究所计算机科学与技术专业博士研究生，1999年7月毕业并获得博士学位。
1997年7月起，孙凝晖先后担任中国科学院计算技术研究所智能中心研发部副主任、主任。
2000年3月起，孙凝晖在中国科学院计算技术研究所工作，先后担任高性能计算机室主任、系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任、所长助理、常务副所长，计算机系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任、所长（任期5年）。
2019年11月，孙凝晖当选为中国工程院院士。
2020年3月，孙凝晖担任中国科学院大学计算机科学与技术学院院长。
求学之路、从业之路解码
孙凝晖院士的求学与从业之路呈“理论奠基—技术攻坚—战略引领”的进阶轨迹，为其成为院士奠定多维度基础。
孙凝晖入读北大计算机系，系统性基础学科训练（如王选院士影响下的体系结构认知）与跨学科视野（接触复杂系统理论），使他构建起“从原理出发”的思维范式，为后续架构设计埋下逻辑伏笔。
孙凝晖进入中科院计算所硕士阶段学习，他参与并行计算项目，培养“问题导向”的工程思维。
博士期间，他聚焦“可扩展并行处理”，恰逢国外技术封锁，研究锚定“国产化替代”，其博士论文直接服务于后来“曙光”系列核心架构设计。
孙凝晖放弃出国，选择留所组建团队，将个人科研与国家需求深度绑定。
孙凝晖主导“曙光1000A”研发，以“混合架构”实现技术突破，形成“非对称创新”方法论，为国产超算突破封锁提供路径参考。
孙凝晖担任高性能计算机室主任期间，建立“双周攻坚会”机制，推动“曙光4000”进入全球TOP10。
孙凝晖担任常务副所长时，他推动产学研融合，将超算技术导入石油、气象等民生领域，提前布局“算力普惠”。
孙凝晖担任计算所所长五年间，力推“异构计算+自主生态”体系，打通“芯片-架构-软件”全链条。
他推行“青年科学家工作室”，打破论资排辈，储